一、光学显微镜?利用可见光作照明，受光波波长的限制，放大倍率有限。
复式显微镜(compound microscope)
利用穿透光，也就是光线透过物体而入眼，因此，观察物必须很薄，成透明状时，光线才能穿透，常需染色。通常显微切片，先将标本固定、封蜡，再利用切片机将标本切为5~15μm之厚度，最佳复式显微镜倍率不超过1000X，解像力约为人眼的500倍。 位相差显微镜(phase contrast microscope)
复式显微镜中较复杂者，此种显微镜在光线通过物体的各部时，会改变光线的位相，而使各部呈现对比的情形，此种显微镜标本不需要经过一般复式显位静的处理，可以观察活细胞内的各种构造。
立体解剖显微镜(stereoscopic dissecting microscope)
此种显微镜放大倍率为4X至40X或更高，其倍率虽然不高，但是可以观察不透明的物体，因为光线是物体表面反射入镜，与复式显微镜不同，使用时用两眼观察，可观察到立体物像，且可边观察边解剖。
二、电子显微镜?利用波长较可见光短的电子产生影像。
穿透式电子显微镜(transmission electron microscope；TEM)
用来观察超薄切片内的细微构造。1932年，德国科学家用电子替代可见光制成，其解像力是人眼的10000倍，放大倍率达250000倍或更多。使用穿透式电子显微镜的标本需要非常薄(7.5-15nm)。
扫描式电子显微镜(scanning electron microscope；SEM)
用来观察标本表面的特征与立体构造。扫描式电子显微镜的电子束不穿过标本，所以标本无需切片处理，而代之在标本表面涂上一层薄金，当电子撞击标本表面各点时，便产生次及电子，呈现立体状态，可观察标本的形状及表面的特征. |
